PFA和PTFE的性質十分的相似，連續的使用溫度為260攝氏度，最低的溫度在零下196攝氏度，他們的不同在于PFA是可以進行熔融加工的，反之PTFE不能，這意味著PFA可以通過注塑成型、螺桿擠壓的技術加工，PFA管的金屬離子含量較低，在較高的溫度下能夠保持較強的機械強度和爆破壓力，并且其化學純度都符合FDA的要求。PTFE固體是一種疏水的材料，因此PTFE不會受到水分的影響，并且PTFE的摩擦系數較低，而PFA會更容易受到干濕交替環境下的影響，同時在耐鹽霧腐蝕的方面，PFA的性能要優于PTFE/PFA的柔韌性和PTFE相比更好，尤其是在管道運輸的方面，能夠重復折疊，但是滲透性能不如PTFE。

PFA的介電常數和PTFE相同，同時耗散系數也十分相似，而PFA的介電強度要高于PTFE。